負責感染科之門診、住院及相關疾病之診療，各科病患感染病症的會診。配合醫院感染管制委員會，負責院內感染管制政策製訂及宣導、全院感染之監測及預防、抗生素使用之管制。配合衛生署之NISS系統（全國院內感染監測）做傳染疾病之通報、防治之調查及研究，參加醫策會TCPI（台灣品質指標計劃）策劃有關感管品質事宜，並協助嘉義區域醫療網的感染管制工作之訓練，為可訓練感染管制師之醫院。
本院於100年成為衛生福利部疾病管制署愛滋病指定醫院迄今，本科於105年通過SNQ國家品質標章(愛的延長線-多元醫療提升個案就醫動機就醫動機-讓愛動起來)，提供友善的醫療環境，以期能讓愛滋病毒感染者接受治療。
服務項目：
細菌、病毒或其他病原體感染而導致不適包括：不明熱、腦(膜)炎、感冒、氣管炎、肺炎、腸(胃)炎、病毒性肝炎膽道炎、膽囊炎、尿道炎、腎盂炎、膀胱炎、蜂巢組織炎、性病皮膚感染、食物中毒、全身性感染及各種傳染病（登革熱、肺結核、愛滋病等）※提供民眾自費之「暴露愛滋病毒『前』、『後』預防性投藥」
症狀參考：
01. 全身症狀：發燒、寒顫、起疹等
02. 上呼吸道感染：咳嗽、痰液增加、鼻水、喉嚨痛、呼吸不順等症狀
03. 腸胃道感染：水瀉、腹痛、嘔吐等症狀
04. 皮膚、軟組織感染：紅、腫、熱、痛等發炎症狀
05. 泌尿道感染：小便疼痛、頻尿、腰酸等症狀
06. 關節骨骼感染：受侵犯關節部分、紅、腫、熱、痛等發炎症狀