本科長期服務嘉義地區民眾，目前本院有多位腸胃肝膽專科醫師，規模為嘉義地區之首。儲備有最新彩色都卜勒腹部超音波，電子顯微鏡胃腸鏡，窄頻光早期癌偵測系統，高頻內視鏡超音波探子，逆行性膽胰管內視鏡等尖端診療設配之外，也備有最新抗BC肝病毒藥物及長效型干擾素以治療慢性肝炎患者。另外本院成立的保肝小組，更以個案管理的方式對慢性肝炎、肝硬化及肝炎工全面性的照護。
嘉基治療性內視鏡團隊提供內視鏡黏膜下剝離術等技術處理早期胃腸道早期癌與腫瘤；胃食道逆流提供抗酸逆流術等內視鏡治療；更提供胃內水球與胃內縫合等技術以低侵入的方式治療肥胖。
服務項目：
01. 腹部超音波(肝膽胰脾腎)
02. 電子式胃腸鏡檢查
03. 窄頻光擴大內視鏡及染色內視鏡
04. 無痛胃鏡及大腸鏡檢查
05. 內視鏡超音波
06. 內視鏡逆行性膽胰管造影術
特殊治療項目：
01. 超音波導引肝臟細針切片
02. 超音波導引肝腫瘤酒精注射術
03. 超音波導引肝腫瘤射頻消融術
04. 內視鏡食道靜脈瘤結紮手術
05. 內視鏡胃靜脈瘤硬化治療術
06. 內視鏡消化道潰瘍止血術(包括注射式、電燒式及止血夾置放)
07. 內視鏡胃腸道息肉切除術
08. 早期癌的內視鏡黏膜下剝離術
09. 內視鏡胃造廔術
10. 內視鏡膽管結石取石術
11. 內視鏡膽管支架置放術
12. 內視鏡鏡減重：胃內水球與胃縫合
症狀參考：
01. 一般胃腸道及肝膽胰臟疾病
02. 消化性潰瘍及急慢性胃炎
03. 胃腸道功能性疾患
04. 胃腸道出血(吐血、血便或黑便)
05. 吞嚥障礙
06. 胃腸道各式良性病變
07. 胃癌、大腸癌及食道癌
08. 保肝小組追蹤慢性病毒肝炎及肝硬化
09. 肝癌、膽道癌及胰臟癌
10. 膽囊結石及膽管結石